| 第１部 |
代官屋敷の悪代官を倒して手形をもらう |
| 関所で手形を使う |
| どでか山で２つのひすいを手に入れ、仙人に会う |
| 裾の村のかんざし職人にひすいを渡す |
| 茶店で仙人に会って泉の玉を作ってもらう |
| カンカラ村の神社の地下祭壇で泉の玉を使う |
| 地下道を通り、リニアカゴに乗って四国へ |
| 第２部 |
おかか村の村長と話をする |
| 地下牢でコバンネコを仲間にし、村長を倒す |
| 本土～佐渡間の連絡船に乗って佐渡に行く |
| 佐渡金山でデーヤモンドを取って、丹後村の村長に渡す |
| 滝の前で鯉のヌイグルミを使って雷電村に行く |
| 源内研究所にいる源内さんを助ける |
| 源内さんの家の前の木になっている山ブドウを採る |
| 山ブドウをぬりかべにあげる |
| 毒沼を抜け、リニアカゴに乗って九州へ |
| 第３部 |
ハイカラ町の番所の前にいるヤエちゃんと話をする |
| 地下牢を脱出し、ニセゴエモンを倒し、ヤエちゃんを仲間にする |
| パスポート発行所に行き、パスポートを作ってもらう |
| そげん町に行き、パスポートを見せて中に入る |
| チンさんの家に行き、リンちゃんと話をし、仲間にする |
| 中国行きの船に乗って中国に行く |
| 宝山の化け物を倒し、悟空と話をする |
| 日本に戻ってチンさんにヨークキークの実を使う |
| 弘法の筆で地下道の壁を消し、空港に行く |
| 空港から飛行機に乗ってバナナン島に行く |
| アッチッチ洞窟で冷え冷え袋と勇者のバナナを取る |
| 勇者のバナナをバホホ村の村長に渡す |
| 怪しい茶店でおたふくの面を使い、奥にいる秘密特捜忍者と話をする |
| 冷凍グローブを使ってから冷え冷え袋を使う |
| 熊さん城の入口で炎のルンバを使う |
| 黄金キセルを取り戻したら、はぐれ町の北に行く |
| 第４部 |
おとろし村の神社に行き、魔物を倒す |
| 忍忍村に行き、ハンさんと話をする |
| 東北地下道を通ってドンパチ村に行き、トメゾウさんと話をする |
| はぐれ町に行き、ヤノスケと話をし、トメゾウさんの家に行く |
| 北に続く橋の前で火薬を使う |
| 地下道の途中にいる弁天小僧と話をする |
| ゴエモン一人になったらななはち村に行き、分瀬さんと話をする |
| トンガリ山に行き、城が飛んでいったら外に出て、本郷と話をする |
| スワン湖に行き、豆の木の素を使う |
| 空飛ぶ城を脱出したら、忍忍村の南西に行く |
| 第５部 |
みなわ町に行き、港から船に乗ってどっこい島に行く |
| ポカポカ山にいるペモペモ星人に2つのひすいを渡し、ひょっとこの面を取る |
| 本土に戻る途中にカメに助けてもらって竜宮城に行き、乙姫様と話をする |
| 大江戸城の入口でひょっとこの面を使う |
| おみっちゃんがいなくなったら外に出る |
| ペモの笛を使い、UFOに乗ってカラクリアイランドに行く |
| おみっちゃんを助けたら、カラクリアイランドから脱出する |
| はぐれ町に戻ったら、ゴエモンの家に行く |